自来水给我们的生活带来极大的方便，打开自来水龙头就有水来。但是在自来水水龙头之前，却有漫长的或大大小小的水管、管道、水箱、水塔等繁多的设备，即便自来水厂出来的原本是洁净水，一旦通过这漫长的管、塔、箱接触，污染机会必会增多，使得花掉巨额资金、多道工艺处理出来的优质水，通过管网输送，进入每个家庭、终端后却有可能是水质下降、浑浊的不合格饮用水。

二次污染的原因主要有：市政管网污染、储水箱污染、入户水管污染、水管渗漏及游离余氯等。以前的水源很少受到污染，很少有有机物，因此，出厂水中少量的细菌或被消毒剂灭活的细菌，即使恢复了活力，也没有可供细菌自身繁殖需要的营养。但现在的情况已发生了变化，水源遭受了污染，经自来水厂常规工艺处理后，仍然可能有有机物存在于出厂水中，这样出厂水中的细菌与复活的细菌就有可能利用这些有机物作为营养物生长繁殖。

水中虽然有余氯，但在管壁层，或在弯头、接头等坑凹处都是残存细菌的隐蔽所。当余氯较多时，细菌不活动，而当余氯较少时细菌就可以摄取水中营养物质繁殖生长。而且有的细菌已有抗氯性(如隐孢子虫等)，少量的余氯对它不起作用。细菌繁殖后就形成生物膜，造成管壁局部表面电位差，致使管道腐蚀、水质变差。主要表现在细菌学指标、总有机碳、总铁、锌、色度、浊度、亚硝酸盐氮、酚类等在水中增多，甚至超过国标规定值。造成这种水质二次污染的主要环节和因素是配水管网的管内壁。