用户在选购超纯水机时，应向厂家提供原水的水质，如泥沙重、硬度高、地下水等。超纯水机的工艺是根据原水的水质来决定的。对于较重的泥沙，要加预处理装置，加软化装置，含盐量高。应采用两级反渗透工艺。如果选择以纯净水为水源的超纯水机，只需要提供水质要求和用水量即可。厂家会根据用户的水质推荐适合你的超纯水装置。

为了满足实验室对高标准水质的需求，超纯水机一般会用精小滤芯和活性炭对自来水进行预处理，过滤沉淀物等颗粒，去除异味，使自来水变得更加洁净，再用反渗透装置对水质进行净化脱盐，储存在储水箱中，其水质可达到国家实验室用水标准。反渗透纯水经过净化柱深度脱盐后会产生超纯水。然后，如果用户有特殊的标准要求，超纯水后还会增加紫外线杀菌或微滤、超滤装置，去除水中残留的细菌和颗粒。

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当超纯水系统几个小时不取水时，可能会造成采样口外部的反向污染，滞水也会溶出管道材质的成分，使水质达不到要求。所以在进水初期至少要排除一升水，进行微量分析时排水量要多一些。

如果取水时产生很多气泡，将很容易与空气中的污染物混合。如果比较不同实验室的超纯水污染程度，存放在溶剂实验室的超纯水中阴离子(尤其是氯离子)和VOC的浓度变化明显。这可能是由于储存的盐酸、二氯甲烷和四氯化碳的影响。

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